Le jardin de ce couvent est devenu malgré lui un haut-lieu des évènements de la Terreur, dans les années qui suivirent la Révolution. Il est situé près de la place du Trône (aujourd’hui place de la Nation) où ont été guillotinées une cinquantaine de personnes par jour pendant des semaines. Deux fosses communes ont été creusées dans les jardins du couvent, mélangeant les cadavres de la haute noblesse et ceux du peuple des faubourgs.
Le cimetière de Picpus est resté un véritable témoin de ces évènements qui n’ont épargné aucune classe sociale. Les noms des 1306 personnes qui y sont enterrées sont gravés sur deux plaques de marbre accrochées près du chœur de la chapelle. Parmi les 1 109 hommes figurent des nobles, des ecclésiastiques, des moines, des militaires et une majorité de roturiers. Le site des fosses communes est bien visible, on peut même encore voir les passages pour les charrettes qui transportaient les cadavres.
En 1802, des familles nobles ont établi un cimetière près des fosses où certains de leurs ancêtres reposent. Au bout du jardin muré se trouvent les tombes des familles aristocratiques françaises, dont celle du général La Fayette, héros de la guerre d’indépendance américaine. Son cercueil est recouvert avec la terre qu'il a ramenée de Brandywine et un drapeau américain, qui flotte en permanence au-dessus de sa tombe. Le drapeau est renouvelé tous les 4 juillet, date anniversaire de l'Indépendance des Etats-Unis.