Sur ce site, une première église dédiée à saint Germain, évêque d’Auxerre, a été construite à la fin du VIIe siècle. L’édifice est reconstruit dans la première moitié du XIIe, puis sans cesse remanié. L’architecture de cette ancienne église royale qui traverse les siècles témoigne de son histoire. Le porche gothique flamboyant est un de ses aspects les plus intéressants.
C’est dans cet édifice que les artistes qui bénéficiaient du mécénat royal se faisaient inhumer. Y reposent les sépultures de Le Vau, Gabriel, Soufflot, Van Loo…
Presque tout le mobilier d’origine a disparu, mais on peut encore admirer de belles pièces comme le banc d’œuvre de la famille royale, exécuté en 1682 sur des dessins de Le Brun.
Cette église a gagné sa place dans l’histoire de France, quand, le 24 Août 1572, ses cloches sonnèrent pour signaler le jour du massacre de la Saint-Barthélémy.