C’est la plus ancienne église de Paris. Sur les conseils de Germain (qui deviendra par la suite l’évêque de Paris) le fils de Clovis, Childebert, fit construire une basilique et un monastère vers 543. D’abord dédiée à saint Vincent, elle fut ensuite nommée Saint-Germain-le-Doré en raison de son toit en cuivre, puis Saint-Germain-des-Prés.
Pendant la Révolution, l’abbaye fut brûlée et une raffinerie de salpêtre installée à sa place, la flèche du clocher a été ajoutée avec un style maladroit propre au XIXe siècle. À part ça, une bonne partie de la structure restante date du XIIe siècle. Les chapiteaux sculptés et la tour datent, eux, du XIe.
Parmi les sépultures présentes dans l’église, celles de Jean-Casimir, le roi déchu de Pologne qui devint Abbot de Saint-Germain en 1669, et le noble écossais William Douglas. Sous la fenêtre, dans la deuxième chapelle, se trouve la pierre funéraire du père de la dialectique, le philosophe et mathématicien René Descartes.